Миколаїв має давні та славні футбольні традиції і свого часу міс­цева команда «Цементник-Хорда» мала професійний статус та про­тя­гом декількох сезонів виступала у другій національній лізі.

У 2006 році у місті було створено ФК «Миколаїв», до функціо­ну­ван­ня якого залучилося чимало місцевих підприємців та вболівальників. Протягом трьох перших сезонів команда виступала у першій обласній лізі, а з 2009 року – безперервний учасник Прем’єр-ліги Львівської області.

У перші сезони в «еліті» обласного футболу команда «пробуксовувала» і не входила до числа претендентів на нагороди. Освоївшись у турнірі та сформувавши боєздатний колектив, ФК «Ми­колаїв» у 2013 році вперше виборов «срібні» нагороди та на довгі роки здобув статус одного із головних фаворитів обласних змагань. Надалі миколаївчани ставали чемпіонами області у 2017 та 2024 роках, володарями срібних наго­род у 2019, 2020, 2021, 2023 роках, та бронзових у 2014 та 2018 роках. Також в ак­тиві клубу Суперкубок Львівщини 2017 року, Кубок Львівської області 2019, 2020 та 2023 років, участь у фіналі Кубку області 2017, 2018, 2021  та 2024 років, три фінали (2013, 2018, 2020 роки) та перемоги у 2021 та 2026 роках у передсезонному турнірі пам’яті Ернеста Юста. Також ФК «Миколаїв» ставав переможцем розіграшу Кубку України серед аматорів сезону 2023/24 р.р. та приймав участь у розіграші Кубку України сезонів 2023/24 та 2024/25 р.р., де зокрема перемагав першолігові «Буковину» Чернівці, «Агробізнес» Волочиськ та «Металіст» Харків.

Чемпіонат Львівщини серед команд Прем’єр-ліги 2025 року ФК «Миколаїв» під керівництвом граючих тренерів Андрія Гурського та Григорія Коваля завершив на п’ятій турнірній сходинці. Також миколаївці виступають у чемпіонаті України серед аматорів і після осінньої частини змагань посідають третє місце у своїй групі.

У рамках підготовки до весняної частини аматорського чемпіонату України та обласних змагань ФК «Миколаїв» взяв участь у «Меморіалі Ернеста Юста» і у підсумку став його переможцем, здолавши у фіналі  з рахунком 1:0 представника другої ліги чемпіонату України ФК «Самбір-Нива-2» Тернопіль. Окрім участі у «Меморіалі Е.Юста» футболісти із Миколаєва провели і декілька контрольних поєдинків, зокрема з професійними командами «Рух» Львів – 2:4, ФК «Самбір-Нива-2» Тернопіль – 1:3, «Рух» U-19 Львів – 2:5.

ФК «Миколаїв» (президент клубу – Микола Оприск) проходить процедуру ліцензування для отримання професійного статусу та виступу у чемпіонаті України серед команд клубів другої ліги сезону 2026/27 років.