Перша документальна згадку про команду «Дністер» Заліщики датована 1913 роком. За свідченнями тогочасної преси команда із такою назвою провела зустріч з командою «БАСК» Чернівці і поступилася з рахунком 0:8. У часи СРСР «Дністер» яскраво заявив про себе у 70-ті роки, коли ставав володарем кубку Тернопільської області (1970, 1972 р.р.) та чемпіоном області 1974 року. Також виступали команда із Заліщиків і у чемпіонаті України серед колективів фізкультури (аналог – чемпіонату України серед аматорів) у сезонах 1975 та 76 років. Наступного трофею вболівальникам  довелося чекати до 1988 року, коли колектив став володарем кубку області. У 1990 році «Дністер» зробив «золотий дубль» – ставши чемпіоном та володарем кубка Тернопільщини. Завдяки чемпіонству команда отримала право у 1991 році представляти область у чемпіонаті України серед колективів фізкультури. Виступ на всеукраїнській арені однозначно вийшов вдалим – друге місце у групі. Також футболісти «Дністра» пробилися до фіналу обласного кубка, де поступилися «Кристалу» Чортків. У 1992 році «Дністер» отримав місце у перехідній лізі чемпіонату України і став переможцем своєї групи. Наступні два сезони команда провела у другій лізі, а сезон 1994/95 років розпочала у третій лізі. Взимку 1995 року після першого кола «Дністер» знявся із змагань та завершив свій виступ у професіональному футболі.

Після цього «Дністер» повернувся до виступів на районному та обласному рівні. У 2004 році команда виборола звання чемпіона області, у 2013 році стала срібним призером, а у 2012 році – бронзовим. Також  футболісти із Заліщиків виступали у фіналі кубку області 2013 року, де поступилися ФСК «Чортків» – 0:1. У 2019 році команда здобула срібні нагороди першої обласної ліги, а у 2021 році зникла з футбольної карти Тернопільщини.

Відновили свої виступи «на область» футболісти «Дністра» у 2022 році і одразу ж стали переможцем першої ліги. Наступного сезону команда виборола «бронзу» у вищій лізі, а у 2024 році стала срібним призером чемпіонату Тернопільської області. Також в доробку колективу титули переможця Зимового чемпіонату Тернопільщини 2023 та 2024 років.

Злет «Дністра»  у першу чергу пов’язаний з іменем президента клубу, американського бізнесмена з українським корінням, Юрія КУЦА, котрий є головним інвестором клубу. Перед командою стоять високі турнірні завдання, як і на обласному, так і на всеукраїнському рівні – боротьба за обласне «золото», вдалий виступ у чемпіонаті України серед аматорів та вихід до другої національної ліги. Для досягнення цих цілей склад було посилено низкою нових гравців, зокрема навесні 2024 року у «Дністер» перейшли екс-гравці «Агрону» Великі Гаї Тарас ЧЕРВОНЕЦЬКИЙ, Валентин БІЛИК та Назар ПРОЦИК. Влітку 2024 року головним тренером команди став Олег ШЕЛАЄВ, а тренером-консультантом – Руслан КОСТИШИН.

У серпні 2024 року колектив із Заліщиків вийшов на старт аматорського чемпіонату України. Незважаючи на статус дебютанта чемпіонату (у сезоні 2023/24 років «Дністер» брав участь у розіграші кубку України серед аматорів і після перемоги над «Покуттям» Коломия – 0:0, 3:0, у 1/8 фіналу поступився СК «Вільхівці» – 1:1, 1:2) підопічні Олега ШЕЛАЄВА з перших турів почали «штампувати» перемоги і практично протягом усієї осінньої частини змагань очолювали турнірні перегони. Лише у заключній грі першого кола «Дністер» перервав свою серії із семи перемог поспіль і поступився землякам із «Агрону». Втратили очки футболісти із Заліщиків і у крайній грі 2024 року у Полонному, відтак дозволили себе випередити у турнірній таблиці футболістам з Великих Гаїв.

10 березня в період підготовки до весняної частини аматорського чемпіонату України «Дністер» залишили головний тренер Олег Шелаєв та тренер-консультант Руслан Костишин, які очолили команду Прем’єр-ліги «Колос» Ковалівка. Дещо згодом новим наставником команди став Олег КРАСНОПЬОРОВ, який до цього очолював ФСК «Маріуполь». Також до лав команди доєдналося і декілька нових виконавців, зокрема і екс-гравець ФК «Куликів» Іван ДЯЧИНСЬКИЙ. Оновлена команда завершила груповий турнір чемпіонату на другій турнірній сходинці та вийшла у раунд плей-оф, де почергово перемігши «Авангард» Лозова – 1:2, 2:0, «Ребел» Київ – 1:0, 0:1, 4:2 пен. та «Атлет» Київ – 3:1 дод. час у підсумку виборола звання чемпіона України серед аматорів.

Влітку 2025 року «Дністер» знову вийшов на старт аматорського чемпіонату. Після осінньої частини змагань футболісти із Тернопільщини очолюють турнірні перегони у групі «А», маючи у своєму доробку двадцять два пункти після десяти проведених матчів. Також «Дністер» перемігши команди «Медея – Невицький замок» Оноківці (4:0, 5:0) та ФК «Вільхівці» (1:1, 4:0) вийшов до півфіналу розіграшу аматорського кубку України.

Підготовку до відновлення сезону гравці «Дністра» розпочали наприкінці лютого. У рамках підготовки «Дністер» провів контрольні поєдинки з командами ФК «Вікнини» – 8:0, ФК «Борщів» – 4:3. 21 березня на «Дністер» очікує ще один контрольний поєдинок з ФК «Брацлав» Вінницька область.

Перший офіційний поєдинок у рамках аматорського чемпіонату «Дністер» проведе у Заліщиках 4 квітня з ФК «Миколаїв».