У 1970 році у Києві було засновано ДЮСШ «Дружба», яка згодом от­римала назву «Атлет». 15 липня 2006 року з ініціативи тренерів ДЮСШ «Атлет» було прийнято рішення про створення футбольного клубу «Ат­лет» та дорослої команди. Основна мета створення клубу – це надання випускникам ДЮСШ «Атлет» можливості продовжувати вдосконалювати свою професійну майстерність після завершення навчання у дитячо-юнацькій спортивній школі.

За двадцять років свого існування клуб пройшов шлях від першої ліги чемпіонату міста Києва до другої ліги України. За цей час команда ставала срібним призером чемпіонату України серед аматорів – 2024/25 р.р., чемпіоном міста Києва – 2024 р., срібним призером чемпіонату міста Києва – 2008, 2018, 2019, 2021 та 2023 р.р., бронзовим призером чемпіонату міста Києва – 2011, 2014, 2022 та 2025 р.р., переможцем першості міста Києва серед команд першої ліги – 2007 р., срібним призером першості міста Києва серед команд першої ліги – 2006 та 2013 р.р., воло­да­рем Кубку В. Ф. Мунтяна – 2008, 2010, 2011 та 2021 р.р.

На всеукраїнській футбольній арені команда «Атлет» з’явилася у 2018 році, ставши учас­ником розіграшу Кубку України серед аматорів. У першому етапі змагань «атлетівці» зустріли­ся з командою «Світанок-Агросвіт» Шляхова з Вінничини і поступилися за сумою двох матчів (2:3, 1:1). З сезону 2019/20 р.р. «Атлет» постійний учасник чемпіонату України серед аматорів. Протягом п’яти сезонів молоді вихованці «Атлету» високих турнірних завдань не вирішували і, зазвичай, завершували виступ у середині турнірної таблиці своєї групи.

Суттєво змінилися результати команди у чемпіонаті 2024/25 р.р. У своїй групі «Атлет» вже з перших турів увійшов до числа лідерів та претендентів на місце у плей-оф і у підсумку за­вершив груповий етап на другій турнірній сходинці групи «Б». У чвертьфіналі суперником ко­манди Дмитра МУРАШЕНКА став представник Тернопільщини «Агрон» Великі Гаї. Після нічиї 1:1 на полі суперника, «Атлет» на домашній арені здобув впевнену перемогу з рахунком 3:0. У півфіналі «Атлет» зустрічався з діючим аматорським чемпіоном України «Агротехом» Тиш­ків­ка Кіровоградська об­ласть і здобувши перемоги у обох поєдинках (3:2 та 2:1) отримав право поборотися за чемпіонське звання. У вирішальній грі з командою з Тернопільщини «Дністер» Заліщики «атлетівці» на 16-ій хвилині вийшли вперед, на 21-ій отримали гол у відповідь, а на 36-ій залишилися у чисельній меншості. Основний час поєдинку завершився унічию 1:1, а у додатковий час «Дністру» вдалося провести два голи та вирвати перемогу. Відтак «Атлет» за­довольнився званням віце-чемпіона України і вдало пройшовши процедуру атестації отримав професіональний статус та місце у другій національній лізі.

Перед дебютом у професіональному футболі в складі «Атлету» відбулося чимало змін. Так залишили команду декілька гравців, які допомогли клубу вибороти «срібло» аматорського чемпіонату України. Натомість лави команди поповнили захисники Андрій РОМАНЕНКО («Фортуна» Буча), Даніїл МЕЛЬНИК («Нива» Вінниця), півзахисники Євгеній ДАНИЛЕНКО («Мрія» Гостомель), Сергій ШИШКІН («Сокіл» Михайлівка-Рубежівка) та нападник Михайло КЛЯЦЬКИЙ («Фенікс» Підмонастир), а також декілька юних вихованців клубної ДЮСШ.

Свій виступ у другій лізі «атлетівці» розпочали з поразки від одного із тогочасних фаворитів ФК «Лісне». Проте вже у двох наступних поєдинках команда зуміла вибороти дві перемоги. Надалі «Атлет» зазнав чотирьох поспіль поразок, після яких видав серію із чотирьох поспіль перемог. Після цього знову пішла «чорна» полоса – лише одне очко у п’яти поєдинках. Кінцівку осінньої частини чемпіонату кияни завершили трьома поспіль звитягами і на зимовий відпочинок пішли перебуваючи на шостій турнірній сходинці з десяти очковим відставанням від третього місця.

Під час зимового міжсезоння «Атлет» не зазнав кадрових втрат, а серед придбань клубу лише Владислав Кулакевич («Чайка» Петропавлівська Борщагівка) та вихованець клубної школи «Атлету» Дмитро Панасюк.

Весняну частину чемпіонату підопічні Дмитра Мурашенка розпочали надзвичайно впевнено і у шести поєдинках здобули шістнадцять пунктів, що дозволило зрівнятися за набраними очками з ФК «Самбір-Нива-2», який йде третім. Варто відзначити і форварда «Атлету» Ростислава Бабича, який очолює перегони бомбардирів другої ліги.

У матчах чемпіонату України у складі «Атлету» виступали: БАБИЧ Ростислав (2004) – 22/15, БІЛОЗЕРОВ Михайло (2006) – 16, ГАРКУША Назар (1996) – 16, ГЛУШКО Дмитро (2006) – 5, ГОРДЕЄВ Антон (2005) – 23/1, ДАНИЛЕНКО Євгеній (2005) – 20/2, КАВУН Максим (2003) – 21, КІЯШКО Владислав (1995) – 1/0п., КЛЯЦЬКИЙ Михайло (2004) – 19/3, КОМАРЕНКО Максим (2003) – 8/10п., КРИЦЬКИЙ Олександр (2002) – 24,  КУЛАКЕВИЧ Владислав (2001) – 4, ЛИПОВИЙ Андрій (1999) – 1, МЕЛЬНИК Данііл (2003) – 5, МОВЧАН Нікіта (2002) – 23/5, МУРАШЕНКО Іван (2006) – 15/1, ПАНАСЮК Дмитро (2009) – 2, ПІШАК Артем (2006) – 8,  ПРЕСІЧ Назар (2003) – 23/8, РОМАНЕНКО Андрій (1999) – 1, СТЕПАНОВ Сергій (2004) – 17, СТРІЛЕЦЬ Артем (2002) – 15, ТЕЙМУРОВ Фарман (2003) – 12, ТИЩЕНКО Даниїл (2002) – 20/1, ЧЕНБАЙ Сергій (1992) – 20, ШИШКІН Сергій (1999) – 22/4,  ШПАЧЕНКО Ілля (2005) – 16/29п.