ФК «Ужгород» було створено у 2015 році. Команда розпочала свій виступ з чемпіонату області і у перший сезон одразу ж стала його переможцем, а також володарем кубка Закарпаття. У наступному сезоні ФК «Ужгород» знову став чемпіоном та володарем кубка області. У чемпіонаті області ужгородці на два пункти випередили «Севлюш» Виноградів і здолали цього ж суперника у вирішальному кубковому матчі - 2:0. Наступного сезону ФК «Ужгород» став п’ятим у обласному чемпіонаті, а у 2018 році - здобув бронзові нагороди.
У сезоні 2018/19 років ФК «Ужгород» дебютував у чемпіонаті України серед аматорів і посів шосте місце у групі «А» (+6 =2 -10 м’ячі 26:37).
У сезоні 2019/2020 років ФК «Ужгород» дебютував у другій лізі чемпіонату України. «Перший млинець виявився глевким» - передостаннє, десяте місце, у групі «А». А ось наступного сезону ужгородці під керівництвом Михайла Іваниці виступили напрочуд вдало - друге місце у групі та путівка до першої ліги. Дебют на новому рівні вийшов не надто вдалим і після осінньої частини сезону ФК «Ужгород» посідав передостаннє, п’ятнадцяте, місце. Варто зазначити, що після п’ятого туру очолив команду Богдан Блавацький, який у 80-ті роки виступав у складі «Мотора» Куликів. Через початок повномасштабної війни футбольний сезон 2021/2022 років так і не було завершено. Перед стартом наступного сезону керівництво клубу призупинило участь команди у чемпіонаті України, проте було збережено професійний статус клубу.
На початку липня 2024 року відбулося об’єднання клубів ФК «Ужгород» та «СХІ» Ужгород, який у сезоні 2023/2024 років спробував свої сили у розіграші аматорського кубку України та приймав участь у першій лізі чемпіонату України U-19. Відтак ФК «Ужгород» після дворічної паузи повернувся до виступів у змаганнях ПФЛ.
У рамках підготовки до сезону команда сформована в більшості із молодих вихованців закарпатського футболу під керівництвом молодого тренера Яромира Лободи провела товариські матчі з командами ФК «Минай» - 0:3, «Ворскла» Полтава - 0:1, «Металіст» Харків - 3:0, «Полісся»-U19 Житомир - 0:0, «Кривбас»-U19 Кривий Ріг - 1:3, ФК «Хуст» - 2:1.
Першим офіційним поєдинком для ФК «Ужгород» став поєдинок кубку України з івано-франківським «Прикарпаттям», який завершився поразкою 0:4. У чемпіонаті команда, основу якої становлять молоді вихованці закарпатського футболу стартувала з «вольової» домашньої нічиї з «Рухом-2», після чого двічі поступилася. У четвертому турі ФК «Ужгород» «розгромив» в гостях «Реверу 1908» і здобув свою першу перемогу, а у наступній грі зумів зупинити переможну ходу тогочасного лідера «Пробію». З перемогою команда повернулася із вояжу до Одеси, а в домашньому поєдинку з ФК «Самбір-Нива-2» «розписала» третю в сезоні домашню «мирову». На фініші першого кола ужгородці зазнали поразки у Куликові та здобули домашню перемогу у «дербі» з СК «Вільхівці». У осінніх поєдинках другого кола ФК «Ужгород» поступився «Руху-2», зіграв унічию з «двійкою» «Полісся» та переміг у Стрию. Набравши шістнадцять пунктів підопічні Яромира Лободи на зимову переву пішли перебуваючи на шостій турнірній сходинці.
Потрібно зазначити, що вже під час осінньої частини сезону до команди приєдналися півзахисники Антоній Емере («Чайка» Петропавлівська Борщагівка) та Дмитро Шух (ФК «Хуст»), натомість Ярослав Караман перейшов у «Полісся-2» Житомир.
По завершенні осінньої частини сезону клуб залишили Василь Беца («Зірка SPAR» Лінці), Владислав Комуніцький («Реал Фарма» Одеса), Іван Марюхнич (ФК «Медея - Невицький замок» Оноківці), Микита Немецков, Іван Повхан, Валентин Цибик («Зірка SPAR» Лінці), Володимир Шаленик. Натомість поповнили склад команди оборонці Юрій Вашкеба («Полісся»-U19 Житомир) та Олександр Савчук (ФК «Костопіль»), нападники Олег Вишневський (ФК «Минай») та орендований Богдан Степанов («Полісся»-U19 Житомир).
У рамках тренувальних зборів ужгородці провели чимало контрольних поєдинків, які принесли наступні результати: «Севлюш» Виноградів - 3:2 (Немецков 2, Богомаз), «Карпати»-U19 Львів - 2:2 (Степанов 2), «Полісся-2» Житомир - 1:2 (Емере), 0:1, «Металург» Запоріжжя - 0:3, «Прикарпаття» Івано-Франківськ - 2:1 (Степанов, Богомаз), «Металіст-1925» Харків - 1:2 (Антошин), СК «Вільхівці» - 0:3, «Металіст» Харків - 3:1 (Цигак 2, Коваленко), ФК «Минай» - 2:2 (Коваленко 2), «Буковина» Чернівці - 1:2 (Степанов), «Рух-2» Львів - 0:2, 2:1 (Коваленко, Мукомела), «Агробізнес» Волочиськ - 0:1, «Скала 1911» Стрий - 2:0 (Минайленко, Степанов).
Весняну частину сезону ФК «Ужгород» розпочав з перемоги 2:0 у рідних стінах над «Реверою 1908». Після цього команда поступилася 1:5 у Городенці, перемогла 4:2 «Реал Фарму» та зіграла 1:1 з ФК «Самбір-Нива-2» і перед двома заключними поєдинками чемпіонату маючи у своєму доробку двадуять три пункти розташувалася на шостому турнірному рядку, відстаючи на два очки від ФК «Куликів-Білка».
У поєдинках чемпіонату 2024/25 на футбольне поле у складі ФК «Ужгород» виходили: Антошин Дмитро - 11, Богомаз Назарій - 15/3, Вашкеба Юрій - 1, Вишневський Олег - 4/1, Вовкунович Іван - 2, Волошин Євгеній - 15/1, Гаврилець Юрій - 10, Емере Антоній - 14/1, Ільчук Іван - 16/4, Караман Ярослав - 3/1, Кічун Максим - 13/1, Коваленко Дмитро - 16/8, Комуніцький Владислав - 2, Коцан Андрій - 6/7п., Лушпінь Владислав - 11, Марюхнич Іван - 2, Минайленко Максим - 13/1, Мориляк Іван - 9/1, Мукомела Євгеній - 13, Немецков Микита - 11, Повхан Іван - 3, Попович Назар - 7, Постемський Олександр - 11/17п., Савчук Олександр - 3, Смокоровський Роберт - 9, Степанов Богдан - 3, Цигак Василь - 11, Шаленик Володимир - 2, Шух Дмитро - 12.
