Сучасний київський «Локомотив» на футбольній арені України з’явився у 2021 році ставши учасником чемпіонату України серед аматорів. Команда, сформована із молодих вихованців клубної школи, виступила невдало і посіла останнє, десяте місце у своїй групі. У сезоні 2021/22 років «залізничники» знову були серед учасників аматорського чемпіонату України, а також взяли участь і у кубковому турнірі. У чемпіонаті «Локомотив» фінішував на п’ятій турнірній сходинці, а у кубку дійшов до чвертьфіналу.

Влітку 2023 року «Локомотив» пройшов процедуру атестації та отримав право участі у другій лізі чемпіонату України. Дебют серед «профі» для команди Вадима Лазоренка вийшов не надто вдалим – десяте підсумкове місце серед п’ятнадцяти команд. У наступному сезоні «Локомотив» виступив досить вдало і посівши третє місце у групі «Б» отримав право у плей-оф поборотися за путівку до першої ліги, однак вже у першій стадії поступився «Скалі 1911» Стрий.

Перед початком сезону 2025/26 років новим наставником команди став Сергій КАРПЕНКО, який до цього очолював команду «Металіст 1925-2» Харків. Оновлена команда вдало розпочала свій виступ як у чемпіонаті, так і в Кубку України, де зуміла дійти до чвертьфінального етапу. Практично протягом усієї турнріної дистанції у групі «Б» другої ліги «Локомотив» перебував на лідируючих позиціях і у підсумку зумів випередити на один пункт «Колос-2» Ковалівка. Посівши перше місце у групі «Локомотив» здобув пряму путівку до першої ліги та отримав нагоду поборотися у фінальному поєдинку за «золоті» нагороди другої ліги.

У тридцяти проведених поєдинках «Локомотив» здобув двадцять дві перемоги, чотири матчі завершив унічию та в чотирьох поступався. У ворота суперників кияни провели 65 голів, натомість пропустили у свої лише 16.

Протягом чемпіонату у складі команди виступали: Павло БАГРІЙ (2005) – 26/2, Даніїл БЕЛИЦЬКИЙ (2007) – 1, Арсен БЄЛІМЕНКО (2000) – 27/15п., Андрій ГОЛОВАТЕНКО (1997) – 24/8, Ілля ЄРШОВ (2004) – 11, Артем ЄСАУЛОВ (1997) – 4/1, Ілля ЗУБКОВ (1998) – 11/2, Вадим КОНОВАЛОВ (2003) – 26, Данило КОСТИРЯ (2005) – 7, Павло ЛУК’ЯНЧУК (1996) – 7/1, Тарас ЛЯХ (2005) – 10/3, Максим МАЙТАК (2004) – 4, Артем МАТУС (ГОЛЯК) (2003) – 3/1п., Іван МЕЛЬНИЧЕНКО (2003) – 25/11, Богдан МОРДАС (2002) – 28/12,  Іван МОЧЕВІНСЬКИЙ (1998) – 19/2, Віталій МЯЧИН (1996) – 1, Дмитро ПУДИ (1998) – 3/1, Артем САБАЛАЄВ (2005) – 17, Олександр САВЧУК (2001) – 27/5, Петро САВЧУК (2001) – 28/1, Фарук САХІД (2006) – 8/1, Олексій САХНЕНКО (2004) – 28/7, Микола СИРАШ (1999) – 28/2, Олександр СМІТЮХ (2002) – 1, Володимир ТИМЕНКО (1997) – 11/2, Тимур ТІТАРЕНКО (2000) – 19, Володимир ЧЕРНЕЦЬКИЙ (2006) – 5/1, Євгеній ЯРМАК (1999) – 26.

Варто відзначити, що в зимове міжсезоння залишили команду Данило Костиря («Діназ» Вишгород), Тарас Лях («Оболонь» Київ), Максим Майтак (СК «Коростень»), Віталій Мячин («Енергетик» Теплодар), Олександр Смітюх («Діназ» Вишгород), Володимир Чернецький.

За три сезони виступів у другій лізі «Локомотив» провів 74 матчі (38 перемог, 14 нічиїх, 22 поразки, різниця мя’чів – 121:80).

Найбільше матчів в складі команди провели: Олексій САХНЕНКО – 70, Богдан МОРДАС – 51, Тимур ТІТАРЕНКО – 50, Артем ЄСАУЛОВ – 44, Арсен БЄЛІМЕНКО – 34, Павло БАГРІЙ, Євгеній ЯРМАК – по 33.

Кращі бомбардири команди: Богдан МОРДАС – 17, Іван МЕЛЬНИЧЕНКО – 11, Олексій САХНЕНКО – 9, Андрій ГОЛОВАТЕНКО – 8, Іван РОМАНЧУК – 7, Ян КАРАНГА, Богдан КОЗІЙ, Тимур ТІТАРЕНКО – по 6.