У 1958 році у Чернівцях була створена команда «Авангард», яка у 1965 році отримала назву «Буковина» та розпочала свої виступи у чемпіонаті СРСР. За час виступів у союзному чемпіонаті футболісти із Чернівців двічі були чемпіонами України (1982 та 1988 роки) та тричі (1968, 1980 та 1989 роки) срібним призером. У 1990 році «Буковина» стала переможцем другої ліги та отримала путівку до першої ліги чемпіонату СРСР 1991 року, у якому посіла високе п’яте місце.

Перший незалежний чемпіонат України «Буковина» розпочала серед команд вищої ліги і посіла у своїй групі шосте місце. У чемпіонаті 1992/1993 років «буковинці» були дванадцятими, а за підсумками наступного сезону покинули вищу лігу. У першій лізі «Буковина» виступала протягом п’яти сезонів. Сезон 1999/2000 років став команда провела у другій лізі і вигравши її повернулася до першої, однак за рік знову опустилася до другої ліги. У найнижчому дивізіоні професійного футболу України «Буковина» «застрягла» на дев’ять сезонів. У 2010 році чернівчани стали переможцями другої ліги і на п’ять сезонів повернулися до першої ліги. У сезоні 2012/2013 років команда посіла високе четверте місце і за певних обставин могла отримати місце у Прем’єр-лізі, проте не склалося. Далі на клуб очікували фінансові проблеми та повернення до другої ліги. За підсумками сезону 2015/2016 років чернівчани отримали путівку до першої ліги, однак через рік знову «вилетіли» до другої ліги. Чергове «підвищення у класі» «буковинці» отримали влітку 2022 року і того часу виступають у першій лізі.

На початку 2024 року новим власником клубу став дніпропетровський бізнесмен Володимир Дубинський, власник компанії «Dmart». Після цього розпочалася робота по створенню команди, яка мала боротися за путівку до Прем’єр-ліги, а також створення відповідної інфраструктури.

Перед чемпіонатом 2024/2025 року наставником «Буковини» став Валерій Кривенцов, а склад команди поповнили чимало нових виконавців. Проте втрутитися у боротьбу за путівку до УПЛ чернівчанам невдалося. Відтак новий сезон команда розпочала під керівництвом нового головного тренера Сергія Шищенка та низкою нових виконавців. Результат не забарився і після осінньої частини сезону «Буковина» впевнено очолює турнірну таблицю першої ліги, а також здобула місце у чветьфіналі кубкового турніру.

Після осінньої частини чемпіонату команду залишили воротар Нікіта Федотов («Епіцентр» Кам’янець-Подільський), півзахисник Юрій Глущук, нападники Андрій Андрейчук (ФК «Гагра» Грузія) та Максим Гірний («Пробій» Городенка). Натомість поповнили склад півзахисник Олег Ільїн («Оболонь» Київ) та нападник Максим Войтіховський («Агробізнес» Волочиськ). Також до навчально-тренувальних зборів залучені молоді гравці із команди «Буковина-2» воротар Микита Балан та Назар Гамолов.

Підготовку до весняної частини сезону «Буковина» розпочала 24 січня. Після проходження медичного огляду та занять у залі команда провела декілька тренувань на синтетичному полі і 1 лютого відправилася на перший навчально-тренувальний збір на Закарпаття. 4 лютого «Буковина» провела перший контрольний поєдинок, у якому перемогла «Металіст 1925» U-19 Харків – 2:1 (Бойчук, Войтіховський). У наступних контрольних матчах суперниками чернівчан виступали «Фенікс-Маріуполь» – 2:2 (Груша, Войтіховський), ФК «Ужгород» – 8:1 (Підлепенець – 2, Войтіховський – 2, Ільїн, Бойчук, Бусько, Кожушко), СК «Полтава» – 1:0 (автогол), «Прикарпаття-Благо» Івано-Франківськ – 5:0 (Тищенко – 2,  Підлепенець, Кожушко, Шинкаренко). Після цього команда отримала декілька днів відпочинку і 18 лютого знову повернулася на Закарпаття на другий тренувальний збір, акцент на якому буде зроблено до підготовки до чвертьфінального поєдинку кубку України з черкаським «ЛНЗ», який заплановано на 3 березня. 21 лютого «буковинці» у першій контрольній грі здолали «Металіст» Харків – 4:1 (Дахновський – 2, Гамолов, Войтіховський), а наступного, після поєдинку з ФК «Куликів-Білка», дня, зустрінуться з СК «Вільхівці».