Перша документальна згадку про команду «Дністер» Заліщики датована 1913 роком. За свідченнями тогочасної преси команда із такою назвою провела зустріч з командою «БАСК» Чернівці і поступилася з рахунком 0:8. У часи СРСР «Дністер» яскраво заявив про себе у 70-ті роки, коли ставав володарем кубку Тернопільської області (1970, 1972 р.р.) та чемпіоном області 1974 року. Також виступали команда із Заліщиків і у чемпіонаті України серед колективів фізкультури (аналог – чемпіонату України серед аматорів) у сезонах 1975 та 76 років. Наступного трофею вболівальникам  довелося чекати до 1988 року, коли колектив став володарем кубку області. У 1990 році «Дністер» зробив «золотий дубль» – ставши чемпіоном та володарем кубка Тернопільщини. Завдяки чемпіонству команда отримала право у 1991 році представляти область у чемпіонаті України серед колективів фізкультури. Виступ на всеукраїнській арені однозначно вийшов вдалим – друге місце у групі. Також футболісти «Дністра» пробилися до фіналу обласного кубка, де поступилися «Кристалу» Чортків. У 1992 році «Дністер» отримав місце у перехідній лізі чемпіонату України і став переможцем своєї групи. Наступні два сезони команда провела у другій лізі, а сезон 1994/95 років розпочала у третій лізі. Взимку 1995 року після першого кола «Дністер» знявся із змагань та завершив свій виступ у професіональному футболі.

Після цього «Дністер» повернувся до виступів на районному та обласному рівні. У 2004 році команда виборола звання чемпіона області, у 2013 році стала срібним призером, а у 2012 році – бронзовим. Також  футболісти із Заліщиків виступали у фіналі кубку області 2013 року, де поступилися ФСК «Чортків» – 0:1. У 2019 році команда здобула срібні нагороди першої обласної ліги, а у 2021 році зникла з футбольної карти Тернопільщини.

Відновили свої виступи «на область» футболісти «Дністра» у 2022 році і одразу ж стали переможцем першої ліги. Наступного сезону команда виборола «бронзу» у вищій лізі, а минулого року стала срібним призером чемпіонату Тернопільської області. Також в доробку колективу титули переможця Зимового чемпіонату Тернопільщини 2023 та 2024 років.

Злет «Дністра»  у першу чергу пов’язаний з іменем президента клубу, американського бізнесмена з українським корінням, Юрія КУЦА, котрий є головним інвестором клубу. Перед командою стоять високі турнірні завдання, як і на обласному, так і на всеукраїнському рівні – боротьба за обласне «золото», вдалий виступ у чемпіонаті України серед аматорів та вихід до другої національної ліги. Для досягнення цих цілей склад було посилено низкою нових гравців, зокрема навесні 2024 року у «Дністер» перейшли екс-гравці «Агрону» Великі Гаї Тарас ЧЕРВОНЕЦЬКИЙ, Валентин БІЛИК та Назар ПРОЦИК. Влітку 2024 року головним тренером команди став Олег ШЕЛАЄВ, а тренером-консультантом – Руслан КОСТИШИН.

У серпні 2024 року колектив із Заліщиків вийшов на старт аматорського чемпіонату України. Незважаючи на статус дебютанта чемпіонату (у сезоні 2023/24 років «Дністер» брав участь у розіграші кубку України серед аматорів і після перемоги над «Покуттям» Коломия – 0:0, 3:0, у 1/8 фіналу поступився СК «Вільхівці» – 1:1, 1:2) підопічні Олега ШЕЛАЄВА з перших турів почали «штампувати» перемоги і практично протягом усієї осінньої частини змагань очолювали турнірні перегони. Лише у заключній грі першого кола «Дністер» перервав свою серії із семи перемог поспіль і поступився землякам із «Агрону». Втратили очки футболісти із Заліщиків і у крайній грі 2024 року у Полонному, відтак дозволили себе випередити у турнірній таблиці футболістам з Великих Гаїв.

Протягом осінньої частини аматорського чемпіонату у складі «Дністра» на футбольні поля виходили: БАЦМАН Станіслав – 9, БІЛИК Валентин – 10/1, БОБИК Дмитро – 8/1, ГЕНИК Микола – 1, ГОЛОВАЧУК Юрій – 4/1, ГОЛОДРИГА Роман – 9/3, ГОРОДИНСЬКИЙ Іван – 5, ДАВИДЮК Віталій – 9, КІРІЄНКО Іван – 10, ЛАНДЯК Микола – 10/3, МАЛАЩУК Андрій – 6, ПАСІЧНИК Валентин – 10/3, ПОПОВИЧ Єгор – 10/6п., ПРОЦИК Назар – 10/3, САДОВСЬКИЙ Василь – 3, СТРІЛЬЧУК Ілля – 1, ТРАКАЛО Олег – 10, ЧЕМЕРЕЙКО Олег – 4, ЧЕРВОНЕЦЬКИЙ Тарас – 10/4, ШЕЛАЄВ Данііл – 8, ШИШИГІН Андрій – 10.

Підготовку до весняної частини сезону футболісти «Дністра» розпочали 15 лютого. Перший тренувальний збір команда провела у Заліщиках. Порівняно з минулим роком у складі команди відбулися певні зміни. Так покинули колектив захисники Микола ГЕНИК, Олег ЧЕМЕРЕЙКО, Віталій ДАВИДЮК, півзахисник Іван ГОРОДИНСЬКИЙ та нападник Юрій ГОЛОВАЧУК. Натомість пробують свої сили у команді декілька нових виконавців, зокрема воротар Іван КРАВЕЦЬ («Прикарпаття-Тепловик» Івано-Франківськ), захисники Іван ФЕДЧИШИН («Колос» Бучач) та Олександр ПАВЛУСЬ («Медобори» Зелене), півзахисник Володимир МОСТОВИЙ («Ко-лос» Бучач) та нападники Юрій ЗАХАРКІВ («Колос» Бучач) і екс-гравець ФК «Кули-ків» Іван ДЯЧИНСЬКИЙ (ФК «Борщів»). Після завершення першого збору «Дністер» відправився у Івано-Франківськ, де провів два контрольних поєдинки з колективами другої ліги. 7 березня з рахунком 0:3 поступився «Пробію» Городенка, а наступного дня з рахунком 3:4 «Ревері 1908» Івано-Франківськ.

10 березня, за декілька днів до початку другого тренувального збору у Тернополі, «Дністер» залишили головний тренер Олег Шелаєв та тренер-консультант Руслан Костишин, які очолили команду Прем’єр-ліги «Колос» Ковалівка. Відтак виконуючим обов’язки головного тренера «Дністра» керівництво клубу призначило тренера воротарів Андрія ФЕДОРЕНКА. Саме під його керівництвом футболісти із Заліщиків 14 березня розпочали другий тренувальний збір.

15 березня команда провела контрольну гру із ФК «Борщів» – 2:2 (Процик, Шишигін). Надалі на колектив очікує ще низка контрольних поєдинків, зокрема і з командами першої та другої ліг «Прикарпаття» Івано-Франківськ (22.03.) та «Нива» Вінниця (26.03.). Відновлення матчів аматорського чемпіонату України заплановано на 5 квітня і на «Дністер» очікує виїзний поєдинок з «Феніксом» Підмонастир.