Вінницька команда майстрів під назвою «Локомотив» була ство¬рена у 1957 році за ініціативою начальника Південно-західної заліз¬ниці Петра Кривоноса, а 16 квітня 1958 року «Локомотив» провів свій перший матч у рамках чемпіонату СРСР. Вже у 1959 році «Локо¬мотив» переміг у своїй зоні класу «Б», і, як найкраща українська ко¬манда, мав переходити до класу «А», однак цього не відбулося. У 1963 році вінничани поступилися у фіналі чемпіонату УРСР СКА Одеса, а у наступному сезоні вигравши підгрупу та фінальну «пульку» вперше стали чемпіонами УРСР та підвищились до другої групи класу «А» чемпіонату СРСР, де виступали до 1970 ро¬ку.

У 1971 – 1989 роках клуб, який у 1979 році отримав назву «Нива», виступав у українській зоні другої ліги чемпіонату СРСР, де двічі займав другі місця (1981, 1985 роки) і один раз третє (1983 рік). У 1984 році команда під керівництвом Юхи¬ма Школьникова перемігши у зоні здобула звання чемпіона УРСР. Протягом 1990 – 1991 років «Нива» виступала в буферній (західній) зоні другої ліги СРСР, де двічі зай¬мала п’яте місце.

У першому чемпіонаті незалежної України «Нива» виступала у вищій лізі, де посіла восьме місце у групі і вибула до першої ліги. Проте вже за рік вінничани у статусі чемпіона першої ліги повернулися до «еліти» українського футболу. У ви¬щій лізі «Нива» виступала чотири сезони, посідаючи місця у нижній частині тур¬нірної таблиці. Навесні 1996 року «Нива» дійшла до фіналу розіграшу Кубка Ук¬раї¬ни, де з рахунком 0:2 поступилася чемпіону України київському «Динамо» та отри¬мала право представляти державу у Кубку володарів кубків УЄФА. У 1/32 фіналу цього турніру команда «пройшла» естонський «Садам» (1:2, 1:0), а в 1/16 фіналу поступилася швейцарському «Сьйону» (0:2, 0:4). У чемпіонаті України 1996/97 ро¬ків «Нива» посіла останнє місце і вибула до першої ліги в якій виступала вісім се-зо¬нів поспіль. У перші роки команда була близька до повернення у вищу лігу, проте цього не сталось. У 1999 році команда змінила назву на ФК «Вінниця», і виступала під цією назвою до 2003 року, згодом повернувши стару назву. У 2005 році вінни¬чани знялися зі змагань через відсутність коштів для фінансування клубу.

У 2006 році на базі вихованців клубної СДЮШОР команда відродилася під наз¬вою «Нива-Світанок». Свій шлях команда розпочала з виступу у аматорському чем¬піонаті України 2006/07 років, а наступного сезону заявилася у другу лігу чемпіонату України. У липні 2008 року команді було повернуто історичну назву «Нива». Маючи хорошу фінансову підтримку від спонсорів та влади «Нива» у се¬зо¬ні 2008/09 років посіла третє місце, а в сезоні 2009/10 років – друге. Після того, як «Десна» Чернігів не пройшла ліцензування, вакантне місце у першій лізі вирішено було розіграти між другими командами груп другої ліги. На нейтральному полі «Нива» перемогла кременчуцький «Кремінь» 2:0, і ввійшла до першої ліги. Окрім цьо¬го, «Нива» стала переможцем першого розіграшу «UMBRO-Кубка Ліги», розгро¬мивши у фіналі «Гірник-Спорт» з Комсомольська 4:0.

Розвинути свій успішний виступ у першій лізі команді невдалося. Знову далися взнаки фінансові питання, і як наслідок, у липні 2012 року «Нива» зникає з футбольної мапи України.

Чергове відродження клубу відбулося наприкінці 2015 року, коли було створено клуб під назвою «Нива-В». Після участі у аматорському чемпіонаті Ук¬раї¬ни команда отримала професійний статус та місце у другій лізі сезону 2016/17 ро¬ків. Починаючи з сезону 2018/19 років команда виступає під назвою «Нива». За дев’ять сезонів колектив із Вінниці жодного разу не втручався у боротьбу за путівки до першої ліги, задовольняючись статусом міцного середнячка.

Перед стартом сезону 2025/2026 років «Нива» перейшла із групи «Б» другої ліги до групи «А». Осінню частину сезону підопічні Юрія Ярошенка завершили на четвертій турнірній сходинці. Під час зимової перерви команда втратила низку виконавців, зокрема покинули команду гравці основи Борис Лотоцький, Олександр Євтіхов, Сергій Катеринка. Натомість поповнили склад команди Віталій Гемега («Поділля» Хмельницький), Денис Зай-чен¬ко («Полісся-2» Житомир), Кирил Кудина та Назар Чупринда (обидва – «Нива» U-19 Вінниця), а також орендовані у київської «ЮКСИ» Максим Васін, Нікіта Петрук та Мендес Ріела Ікару.

Весняну частину чемпіонату вінничани розпочали переможною серією із трьох поспіль звитяг, що дозволяє команді і надалі утримувати за собою четверту турнірну сходинку.

Протягом чемпіонату у складі «Ниви» виступали: БАЛОКІН Олександр – 6, БОРЯЧУК Олександр – 15, ВЛАСЕНКО Антон – 21, ЄВТІХОВ Олександр – 16/1, ЗАГОРУЛЬКО Артур – 22/9, ЗАЙЧЕНКО Денис – 1/0п., ЗАХАРЧУК Роман – 15/16п., ІКАРУ Мендес Ріела – 3, КАТЕРИНКА Сергій – 15/1, КОЛОМІЄЦЬ Єгор – 9/10п., КОЛЧІН Костянтин – 20, КОНДРАТЮК Владислав – 7, ЛОТОЦЬКИЙ Борис – 14/4, МЕЖЕНСЬКИЙ Євген – 17, МЕЛЬНИК Олександр – 1, МОРОЗ Євгеній – 19/1, ПЕТЛЕНКО Артур – 21/4, ПЕТРИК Артем – 19/3, ПЕТРУК Нікіта – 3/1, ПОБЕРЕЖЕЦЬ Ярослав – 15/2, ПОГОРІЛИЙ Вла¬дислав – 18/6, РЯБИЙ Іван – 20, ЧИГУР Дмитро – 20, ЧУПРИНДА Назар – 1/1, ЯКИМЧУК Ярослав – 21.